Фамилия Мальков чаще всего образована от прозвища или мирского имени Малёк (или Малек). В основе лежит прилагательное «малый», «маленький». В старину на Руси нередко давали внутрисемейные имена по порядку рождения или внешним признакам: Малёк — значит младший ребенок, последыш, либо просто невысокий, миниатюрный человек. Потомок того, кого звали Малёк или Малек, и получил фамилию Мальков.

Менее вероятна версия, выводящая фамилию из татарского «малик» — след, следы на снегу или песке. Если бы это было так, предок Мальковых мог заниматься охотой, выслеживая зверя. Но эта гипотеза слабая: в русских говорах и ономастиконе нет устойчивой традиции образовывать фамилии от такого корня, а вот имя Мал/Малёк хорошо известно по актовым книгам XVI–XVII веков.

По модели фамилия — типичная патронимическая: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?») — сын Малека или Малька. Ударение в фамилии обычно падает на последний слог: Малько́в, хотя в разговорной речи встречается и вариант Ма́льков.

Среди известных носителей — футболист Евгений Мальков (род. 1988), игравший за подмосковный «Сатурн». Фамилия нередкая, встречается по всей России, но заметно чаще — в центральных и поволжских областях, что совпадает с зоной бытования имени Мал/Малёк в древнерусской антропонимии.