Основой фамилии Мальковская послужило мирское имя Малёк. Мирское имя Малёк образовано от прилагательного «малый» и указывало на небольшие размеры новорождённого. Согласно другой гипотезе, фамилия Мальковская восходит к прозвищу Малёк, которое указывало на особенности внешности человека, а именно на невысокий рост. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малёк, со временем получил фамилию Мальковская. Фактически фамилия Мальковский представляет собой отчество второго порядка: Мальковский - сын Малькова и внук Малька.