Фамилия Малькина образована от мужской формы Малькин, а та — от прозвища или имени Малька. Основа здесь не в уменьшительно-ласкательном суффиксе, как может показаться на первый взгляд, а в древнерусском слове «малый» — «младший», «невысокий». В старину Малькой могли назвать младшего сына в семье (по аналогии с Меньшиком) или человека невысокого роста. В северных и сибирских говорах «малька» означала ещё и «малёк», «мелкая рыбёшка» — такое прозвище мог получить рыбак или, в переносном смысле, незначительный по положению человек.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Малькин — «сын Мальки», «из семьи Мальки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. В документах XVII века встречаются крестьяне с именем Малька в Вятском и Пермском краях — именно там фамилия Малькина встречается чаще всего и сегодня. Меньше шансов, что основа восходит к церковному имени Малх (от греческого «царь»), хотя теоретически такая возможность есть: в святцах поминается мученик Малх. Но в народной среде имя переосмыслили бы в сторону понятного «малый», так что прозвищный путь надёжнее.

Интересная деталь: фамилия Малькина не имеет ничего общего с уменьшительной формой от имени Малания или Маланья, хотя по звучанию это напрашивается. В тех случаях фамилия писалась бы через «а» с ударением на второй слог — Маланьин. А здесь ударение стабильно на первый слог: Ма́лькин. В XIX веке носители фамилии были преимущественно государственными крестьянами и мещанами центральных и северных губерний, изредка — купцами. Дворянских родов Малькиных в гербовниках нет, что подтверждает её простонародное происхождение.