Фамилия Малькин — наглядный пример того, как суффикс может изменить всё. Формально она образована по самой распространённой русской модели: основа + -ин. Но если бы основой было имя Малька, фамилия звучала бы иначе. Дело в том, что -ин присоединяют к основам на -а, -я: Малька → Малькин. Однако имя Малька (краткая форма от Малафей, Малахия или Емельян) в русской традиции встречается, но редко. Гораздо вероятнее, что в основе лежит прозвище Малька.

Прозвище Малька чаще всего означало «маленький, невысокий человек» или «младший в семье» — от прилагательного «малый». В говорах «малька» — это ещё и мелкая рыбёшка, малёк, что могло стать насмешливым прозвищем для невысокого или худощавого человека. Слово «малька» фиксируется в северных и сибирских диалектах, и там же фамилия Малькин встречается чаще, чем в средней полосе. Это косвенно подтверждает прозвищное происхождение: в местах, где слово было в ходу, его легче могли прикрепить к человеку.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «малька» — это деревянный молоток, колотушка (инструмент бочаров, сапожников). Тогда Малькин — потомок мастера, который работал такой колотушкой. Версия правдоподобна, но уступает первой по распространённости: профессиональных прозвищ от названий инструментов меньше, чем ростовых характеристик.

Фамилия Малькин не относится к числу дворянских или старых княжеских. Она типично крестьянская, посадская. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне Малькины в Вологодском и Архангельском уездах. Сейчас фамилия нередка на Русском Севере, в Поволжье и в Сибири — там, куда переселялись северяне.

Интересная деталь: в некоторых переписях XIX века фамилию записывали через «о» — Молько, Молькин. Это диалектное аканье на письме: произносили «Малька», а писали «Молька». Такие варианты стоит учитывать при поиске предков в архивах.