Фамилия Малькович образована по типичной для восточнославянских земель модели: к основе Малько- добавлен суффикс -ович, обозначающий принадлежность («сын Малько»). Сам по себе суффикс -ович в фамилиях чаще всего встречается у белорусов и поляков, реже — у украинцев, что указывает на вероятное происхождение рода с территории современной Беларуси или западных областей Украины.

В основе фамилии лежит нецерковное имя или прозвище Малько. Его происхождение прозрачно: от прилагательного «малый». В крестьянской среде, где детей часто называли не по святцам, а по внешним признакам или порядку рождения, имя Малько давали младшему ребёнку или просто невысокому человеку. Встречались и параллельные формы — Малец, Малой, Малыш, Малёк. Все они восходят к одному корню «мал-» и выполняли ту же роль: закрепляли за человеком бытовую характеристику, которая со временем становилась его единственным именем.

Есть и вторая версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Малёк (или Малько), которое относилось уже не к ребёнку, а ко взрослому человеку маленького роста. В этом случае прозвище давалось не в младенчестве, а позже, по заметной черте внешности. Обе гипотезы не противоречат друг другу — и в том, и в другом случае словообразовательная цепочка одна: прозвище Малько → «Малькович» как указание на потомка.

Таким образом, предок носителя фамилии Малькович был либо младшим в семье, либо человеком невысокого роста, и это прозвище закрепилось за его родом.