Фамилия Малькова — женская форма от Мальков, а её основа — прозвище или мирское имя Малёк (Малек). Проще всего объяснить её происхождение через прилагательное «малый»: так на Руси часто называли младшего сына в семье или просто невысокого, миниатюрного человека. Родители не всегда искали звучное имя для новорождённого, поэтому имя Малёк давали без лишних церемоний. Когда мальчик вырастал, его дети уже получали фамилию по отцу — Мальковы.

Менее вероятна, но всё же встречается в объяснениях версия о татарском корне «малик» — «след, следы по снегу или песку». Если принять эту гипотезу, предок Мальковых мог быть охотником, хорошо читавшим звериные тропы. Однако эта версия уступает славянской по распространённости и логике: на русской почве фамилия с суффиксом -ов/-а почти всегда отталкивается от русского прозвища, а не от заимствованного слова.

Словообразовательная модель здесь простая: основа «мал-» (значение «маленький») плюс суффикс -ек (уменьшительно-ласкательный), затем фамильный суффикс -ов. Такая цепочка типична для русских фамилий от прозвищ: Малёк → Мальков → Малькова.

Среди известных носителей — Евгений Юрьевич Мальков (род. 1988), центральный защитник подмосковного клуба «Сатурн». Это современный пример, который показывает, что фамилия не ушла в прошлое, а продолжает бытовать.