Фамилия Мальгиновы (в мужском роде — Мальгинов) принадлежит к числу русских фамилий, образованных по модели отчества второго порядка. Это значит, что в её основе лежит не имя или прозвище родоначальника, а имя его дочери или внучки: Мальгинов — это «внук (или потомок) Мальги», а Мальга — дочь человека по прозвищу или мирскому имени Мальга. Такая цепочка — Мальга → Мальгина → Мальгинов — типична для русской ономастики, хотя встречается реже, чем прямое отчество (Мальгин).

Само имя Мальга — это краткая, уменьшительная форма от слов «малый» или «маленький». В дохристианской, а затем и в бытовой русской традиции ребёнка в семье часто называли по внешнему признаку: Малец, Малой, Малюта, Мальга. Такое мирское имя не было редкостью и указывало либо на то, что младенец родился маленьким и слабым, либо на его младшее положение среди братьев и сестёр. Впрочем, не исключено, что прозвище Мальга закрепилось за взрослым человеком невысокого роста или миниатюрного телосложения — такой вариант тоже вполне правдоподобен.

Словообразовательная модель фамилии Мальгинов отличается от более массовых форм на -ов/-ев. Суффикс -ин- (в основе Мальгин) указывает на принадлежность «сын Мальги», а добавление второго суффикса -ов- превращает фамилию в «внучью»: Мальгинов буквально означает «мальгинский внук» или «потомок Мальги». Такая двухступенчатая форма — признак того, что фамилия могла закрепиться не в первом поколении, а спустя некоторое время, когда прямое отчество (Мальгин) уже не удовлетворяло потребности в различении родственников.

Точное место возникновения фамилии Мальгинов установить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий (с XV по XVII век), и подобные «внучьи» формы встречаются в разных регионах — от северных земель до центральных уездов. Сравните с однокоренными фамилиями: Мальгин — более распространённая и древняя форма, а Мальгинов — её производная, которая могла сложиться в среде, где требовалось различать несколько ветвей одного рода. Встречается также вариант Мальганов, но он ещё реже.

Таким образом, фамилия Мальгиновы — это не просто отчество, а свидетельство семейной иерархии: она сохранила память о предке, которого в быту звали Мальгой, и о его дочери или внучке, от имени которой пошла фамильная линия.