Фамилия Мальгинова — это отчество второго порядка. Если разобрать цепочку, то Мальгинова — дочь Мальгина, то есть внучка Мальги. В основе лежит мирское имя Мальга, которое напрямую связано с прилагательным «малый». В семьях так могли назвать младшего ребёнка или просто малыша — отсюда же имена Малец, Малой, Мальга, указывающие на размеры новорождённого.

Менее распространённая, но вполне реалистичная версия — прозвище Мальга, которое давали уже взрослому человеку невысокого, миниатюрного телосложения. Фамилия закрепилась по отцу: сначала сына Мальги назвали Мальгин, а уже его дочь стала Мальгиновой.

С точки зрения словообразования фамилия редкая: суффикс -ин- здесь указывает на принадлежность («чей?» — Мальгин), а окончание -а — на женский род носительницы. В мужском варианте фамилия звучала бы как Мальгин, но форма Мальгинова — это именно «дочь Мальгина», что характерно для русских фамилий, образованных от отчеств.

Однокоренные фамилии — Мальгин, Мальков, Малыхин, Малеев — все они уходят корнем в ту же древнерусскую традицию называть человека по его росту или возрасту. Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России, где были распространены «малые» прозвища.