Фамилия Малгина — женская форма, а её мужской вариант — Малгин. В основе фамилии лежит нецерковное имя или прозвище Малга. Это слово — диалектный вариант от «малый», «маленький», но с характерным южнославянским или украинским оттенком. В русских говорах «малга» могло означать невысокого, щуплого человека, а иногда и младшего в семье — того, кого звали «малышом» или «мальгой». Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Малги», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Географически фамилия Малгин встречается нечасто, но её следы ведут в регионы, где были сильны связи с белорусскими и украинскими говорами — например, в Смоленскую, Брянскую области, а также на юг России. В ономастике известен принцип: чем реже слово в литературном языке, тем точнее оно указывает на локальное прозвище. Малга — как раз такой случай: это не уменьшительное от Малафей или Малахий, а самостоятельное бытовое имя, образованное напрямую от корня «мал-».

Интересно, что фамилия Малгин могла возникнуть и без уменьшительного суффикса: в древнерусской традиции прозвища вроде Малой, Мал, Малюта были распространены, и Малга — их фонетический вариант, где конечное -а закрепилось под влиянием акающих говоров. В таком случае фамилия означает не «сын маленького», а «сын того, кого звали Малга».

Сословная принадлежность у Малгиных, скорее всего, крестьянская или однодворческая — такие фамилии редко встречались у дворянства, так как образовывались от простых бытовых прозвищ без книжной или церковной основы. В документах XVII–XVIII веков носители фамилии могли числиться среди служилых людей по прибору или государственных крестьян.