Фамилия Малкина — типичная «матронимическая» или «прозвищная» русская фамилия, образованная по модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Малкина буквально означает «дочь или жена Малки». Основа здесь — прозвище или имя Малка, которое и стало отправной точкой для всей фамилии.

Что скрывается за этим прозвищем — вопрос, на который у исследователей нет единого ответа. Самая бытовая и, пожалуй, наименее вероятная версия — от уменьшительной формы древнерусского нецерковного имени Мал, Малой. Такие имена действительно давали детям в знак небольшого роста или младшего возраста в семье, но фамилии от них обычно образовывались через суффикс -ов (Малков), а не -ин. Малкина в этом ряду стоит особняком.

Гораздо интереснее версия, связывающая прозвище Малка с профессиональным инструментом. В столярном деле малкой называют подвижный угольник для разметки углов — от слова «малый», то есть небольшой. Если предок носил такое прозвище, он вполне мог быть плотником или столяром, мастером, работающим с этим инструментом. Это редкий, но запоминающийся случай, когда фамилия происходит не от названия ремесла, а от конкретного орудия труда.

Есть и топонимическая гипотеза. Малка — это река на Северном Кавказе, левый приток Терека, протекающая в Кабардино-Балкарии. Человек, живший на её берегах или переселившийся оттуда, мог получить прозвище по названию реки. В таком случае фамилия Малкина — «кавказская» по происхождению, хотя её носители давно расселились по всей России.

Спор между этими версиями не решён окончательно, но профессиональная гипотеза выглядит убедительнее прочих: она объясняет и редкий суффикс, и конкретную, нераспространённую основу. Фамилия Малкина — не про «маленького человека», а скорее про столяра с его инструментом или про выходца с берегов кавказской реки.