Фамилия Малковский — одна из тех, что построены по польско-украинской модели на -ский. Суффикс -ский указывал на принадлежность к месту или роду, но в данном случае он прирос к личному имени, а не к географическому названию. Основа — старинное мирское имя Малко, которое давали младшему или самому маленькому ребёнку в семье. Такие имена были распространены на Руси до повсеместного введения христианских имён: Малко, Малец, Малюта, Малыш — все они от корня «мал-» со значением «маленький». Ребёнка могли так называть в детстве, а имя закреплялось на всю жизнь, переходя затем в фамилию потомков.

Есть и вторая версия: Малко могло быть прозвищем взрослого человека невысокого роста. В этом случае фамилия фиксирует не семейную традицию, а внешнюю примету конкретного предка. Обе гипотезы сходятся в главном: основа фамилии не церковная, а бытовая, из повседневного обихода.

Фамилия Малковский — редкий пример, когда суффикс -ский присоединился к краткой форме имени, а не к полной или топониму. Обычно такие фамилии встречаются у шляхты или в среде, где была принята польская модель образования фамилий. Поэтому можно предположить, что предки носителей фамилии жили на западнорусских или украинских землях, где смешивались русские и польские языковые традиции. В отличие от более частых Малковых, Малковы, Мальцевых, форма на -ский встречается реже и чаще привязана к определённым регионам — например, к бывшим землям Речи Посполитой.

Итак, фамилия Малковский означает «потомок Малко», где Малко — либо младший сын, либо человек маленького роста. Точнее сказать без генеалогического исследования невозможно, но обе версии правдоподобны и укладываются в типичную картину русских и украинских фамилий.