Фамилия Малкова образована от прозвища Малок. Существует несколько вариантов трактовки его этимологии. По одной из версий, оно восходит к нарицательному «малка» - «подвижной треугольник или наугольник столяров». В этом случае прозвище Малок относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности человека. Однако Малка – это и название реки на Северном Кавказе. Тогда это прозвище мог получить человек, родившийся на территории, где протекала эта река. Согласно третьей, наименее вероятной гипотезе, фамилия образована от некрестильного имени Мал, Малой, которое часто в старину давали детям. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Малок, со временем получил фамилию Малкова.