Фамилия Малковская — женская форма от Малковский, а та, в свою очередь, образована от мирского имени Малко. В старину так называли самого младшего ребёнка в семье: малыша, мальца, малюту. Детское прозвище закреплялось за человеком на всю жизнь, даже когда он вырастал, и переходило к его детям. Корень «мал-» здесь прямой — указывает на маленький рост или возраст.

По другой версии, Малко могло быть не внутрисемейным именем, а прозвищем, данным взрослому человеку за невысокий рост. Суффикс «-овск-» в фамилии типичен для польской, украинской или белорусской традиции: он указывает на принадлежность к роду или месту. Если бы фамилия возникла в великорусской среде, мы бы скорее увидели форму Малков (с суффиксом «-ов»). Форма на «-ский» часто встречается у шляхты и мещанства западных губерний Российской империи.

Таким образом, Малковская — это «дочь или жена Малковского», то есть потомка того самого Малко. Фамилия редкая, сосредоточена в основном на западе современной России, в Беларуси и на востоке Польши.