Фамилия Малкин образована от прозвища Малка. Самая надёжная версия связывает его с ремеслом: «малка» — это подвижный треугольник, столярный наугольник. Такое прозвище могли дать плотнику или столяру, который работал с этим инструментом. Модель образования простая: прозвище на -а плюс типичный русский суффикс принадлежности -ин, означающий «чей?» — то есть «сын Малки».

Есть и другая версия, географическая. Малка — это река на Северном Кавказе, левый приток Терека. Прозвище Малка мог получить человек, родившийся или живший в тех краях. Эта гипотеза менее вероятна, чем профессиональная, но полностью исключать её нельзя: фамилия действительно встречается на юге России, хотя основная масса носителей сосредоточена в центральных областях.

Третья версия — от древнерусского нехристианского имени Мал, Малой. Такое имя в старину давали младенцам, часто как оберег от злых сил. Однако эта гипотеза наименее состоятельна: фамилии от имён на -а обычно образуются с суффиксом -ин, но имя Малой дало бы форму Малойкин или Малов, а не Малкин. Скорее всего, перед нами именно прозвище от названия предмета.

Любопытная деталь: фамилия Малкин — одна из немногих, где основа совпадает с названием реки и с термином из столярного дела. Такое совпадение встречается нечасто и делает её разбор интересным для ономастики. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) она обычно приводится именно в контексте профессиональных прозвищ.