Фамилия Малкинский образована от женского имени Малка. Оно берет начало от идишского существительного «малка» со значением «королева, царица». Фактически фамилия Малкинский представляет собой отчество второго порядка: Малкинский - сын Малкина и внук Малки. Так, наличие в фамилии Малкинский суффиксов -ин и -ский указывает на то, что она сформировалась под славянским влиянием и принадлежит еврейскому роду, основатель которого проживал на территории России, Украины, Белоруссии или Польши.