Фамилия Малкович — яркий пример того, как древнее мирское имя или прозвище закрепилось в родовом именовании. В её основе лежит распространённая в старину основа «мал-», указывающая на маленький размер или младший возраст. В крестьянских семьях самого младшего ребёнка часто называли просто Мальцом, Малютой, Малышом или Малко. Это имя могло оставаться за человеком на всю жизнь, даже когда он вырастал, и именно оно легло в основу фамилии.

Однако есть и другие версии. По одной из них, прозвище Малко давали невысокому человеку — здесь срабатывает та же основа, но уже для описания внешности. По другой, более редкой гипотезе, прозвище восходит к слову «малка» — столярный инструмент, подвижной треугольник или наугольник. В этом случае родоначальник фамилии мог быть столяром или плотником, а прозвище указывало на его ремесло. Эта версия менее распространена, но имеет право на существование, так как профессиональные прозвища в русской ономастике встречаются часто.

Сама модель фамилии — на -ович — типична для западнорусских земель, особенно для Беларуси и Украины, где такие отчества-фамилии были нормой. В великорусских говорах чаще использовали суффиксы -ов/-ев (Малков), а форма на -ович выдаёт регион происхождения. Таким образом, Малкович — это буквально «сын Малка», и фамилия закрепилась в тех краях, где патронимическая модель была особенно живучей.

Самый известный носитель фамилии — американский актёр Джон Гэвин Малкович (родился в 1953). Его предки, как и у многих носителей фамилии, имели корни на территории бывшей Австро-Венгрии, что подтверждает восточноевропейское происхождение рода. В России фамилия встречается реже, но тоже известна, особенно в среде потомков выходцев из западных губерний.