Фамилия Малога — редкий случай, когда в основе лежит не просто прозвище, а слово с уменьшительным суффиксом. Если большинство «малых» фамилий образуются через -ов/-ев (Малыхин, Малов), то здесь мы видим суффикс -ог-, который в русской антропонимии встречается нечасто. Он мог придавать слову оттенок ласкательности или, наоборот, указывать на происхождение от диалектного варианта.

По самой распространённой версии, Малога — это прозвище, напрямую связанное с прилагательным «малый». Но не просто «маленький человек». Скорее всего, так называли младшего ребёнка в семье, «мальга» — то есть «малыш, кроха». В крестьянском быту, где детей было много, младшего часто выделяли именно таким прозвищем, которое затем закреплялось за ним и его потомками. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия встречается на юге России и Украины, где были распространены подобные уменьшительные формы.

Встречается и альтернативное объяснение: фамилия могла произойти от нецерковного имени Малога, которое давали по тому же принципу — самый маленький, последний ребёнок. Такие имена-обереги были в ходу до XVII века: считалось, что имя «Малой» или «Малога» защитит ребёнка от болезней и сглаза.

Один из ранних документальных следов фамилии — Василий Григорьевич Малога, родившийся в 1890 году в селе Фомина Балка Одесской области. Эта запись подтверждает южную привязку фамилии и то, что она бытовала в крестьянской среде.

Словообразовательная модель проста: основа «мал-» + редкий суффикс -ог- + окончание -а. По типу склонения фамилия относится к женскому роду (как «сирота» или «умница»), но в русском языке такие фамилии не склоняются, если принадлежат мужчине. В украинском же варианте она могла бы склоняться как существительное общего рода.