Фамилия Малогин образована от прозвища или мирского имени Малога. В основе лежит прилагательное «малый». Скорее всего, так называли либо новорождённого небольшого роста, либо взрослого человека невысокого роста — прозвище закреплялось за внешней особенностью. Редкий суффикс -ога отличает эту фамилию от более распространённой Малюгин (с суффиксом -юг-). В древнерусской традиции имена вроде Малога давали как обереги: считалось, что имя, указывающее на малый размер, защитит ребёнка от болезней и злых сил. Позже прозвище перешло в фамилию через типичный русский суффикс принадлежности -ин, отвечающий на вопрос «чей?»: Малогин означает «сын Малоги» или «из рода Малоги». Географически фамилия встречается в северных и центральных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где мирские имена сохранялись дольше.