Фамилия Малимоновы — редкий случай, когда у прозвища-основы есть как минимум три разных объяснения, и каждое по-своему правдоподобно. Начнём с самого простого: Малимон — это ласкательное прозвище, которое родители могли дать ребёнку. Суффикс -мон в русских прозвищах встречается нечасто, но он придаёт слову оттенок уменьшительности или шутливости (сравните с прозвищами вроде Космон, Гулямон). Если так, то Малимон — это домашнее, «вкусное» имя, возможно, от слова «малина» или от глагола «манить».

Вторая версия ведёт в тюркские языки. Здесь прозвище Малимон могло сложиться из двух корней: mal (скот, имущество, богатство) и mon (грусть, мелодия, гармония). Такое сочетание звучит как описание человека — то ли «богач, который грустит», то ли «владелец скота с печальным напевом». Для русского уха это звучит необычно, но в среде, где русские и тюркские народы жили рядом, подобные прозвища возникали легко.

Третья гипотеза — что Малимон это не прозвище, а форма крестильного имени. Имя Малимон могло быть самостоятельным (хотя оно редкое в святцах) или производным от имён Малахий (библейский пророк) и Меланья (греческое «чёрная, тёмная»). Фонетически переход от «Малахий» к «Малимон» возможен: упрощение и добавление суффикса -мон — типичный народный путь переделки церковных имён.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Малимон добавили суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Малимонов). Такой способ был самым распространённым в центральной России, особенно среди крестьян и мещан. О точном месте возникновения говорить сложно: фамилия нечастотная, и её география не привязана к одному региону. Встречается она в основном в записях XIX–XX веков, что говорит о сравнительно позднем оформлении — возможно, в среде, где фамилии давали уже после отмены крепостного права.

В любом случае, все три версии сходятся в одном: в основе фамилии лежит прозвище или имя Малимон, а носители фамилии Малимоновы — потомки человека, которого так называли.