Фамилия Махиня образована от аналогичного прозвища, которое восходит к украинскому слову «махиня», означающему «большой, громоздкий предмет». По отношению к человеку это слово может означать «высокий», «мощный», «плотный», «крепкий». Вероятнее всего, прозвище Махиня указывает на внешние особенности предка. Согласно другой, менее правдоподобной версии, прозвище Махиня образовано от глагола «махать».