Фамилия Махкаова — редкий случай, когда географическая привязка оказывается важнее морфологического разбора. Её основа — «Махка» — не встречается в списках древнерусских имён или прозвищ, зато хорошо известна на Кавказе. Скорее всего, перед нами фамилия чеченского или ингушского происхождения, образованная от личного имени Махка (Махьа). В вайнахских языках это имя связывают с арабским «Махди» — «ведомый правильным путём», хотя возможна и местная основа, означающая «крепкий», «надёжный». Русский суффикс -ов (в женском роде -ова) здесь — типичный способ адаптации национальных фамилий в документах Российской империи: местное имя просто получало стандартное окончание по образцу русских отчеств. Ударение, судя по аналогичным фамилиям, падает на второй слог: Махка́ова.

Носители фамилии сегодня сосредоточены в Чеченской Республике и Ингушетии, а также в среде вайнахской диаспоры. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века такая фамилия вряд ли встретится — горские общества долго не имели закреплённых родовых имён в русском понимании, их фиксация началась с массовой паспортизации в 1920–1930-е годы. Поэтому говорить о древности фамилии или о конкретном родоначальнике сложно: она могла сложиться буквально за одно-два поколения, когда деда записали как Махка, сына как Махкаев, а внуков уже как Махкаовы.

С точки зрения словообразования, примечателен переход от формы на -ев (Махкаев) к -ов (Махкаов). В чеченских фамилиях чаще встречается суффикс -ев, но вариант с -ов тоже распространён и мог закрепиться из-за ошибки писаря или под влиянием соседних осетинских и кумыкских фамилий, где -ов преобладает. Так что Махкаова — не искажение, а одна из легитимных письменных форм, которая со временем стала фамильной нормой для конкретной семьи.