Фамилия Махнецова — женская форма фамилии Махнецов, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Махнец. В основе лежит слово «махань», которое в русских говорах имело несколько значений: так называли и большую, грубо отрубленную часть мяса, и небрежно сделанную вещь, и даже неопрятного, нерасторопного человека. Отсюда же — глагол «махать» в значении «делать кое-как, спешно». Поэтому прозвище Махнец мог получить либо мясник, работавший с крупными кусками, либо человек, известный своей неаккуратностью или медлительностью.

Модель образования фамилии — суффикс -ец, который в русской ономастике часто указывал на принадлежность к определённому типу людей или на характерный признак. Сравните: кузнец → Кузнецов, удалец → Удальцов. Махнец → Махнецов буквально означает «сын Махнеца» или «из рода Махнеца». Суффикс -ов- здесь стандартный патронимический, указывающий на происхождение от отца.

Географически фамилия Махнецов (и её женская форма) наиболее характерна для северных и центральных областей России, особенно для Вологодской, Архангельской и Кировской областей. В этих краях слово «махань» и его производные были в ходу в диалектной речи. Встречаются также варианты написания с одной «н» — Махецов, но это скорее результат упрощения при записи или случайной ошибки в документах.

Редкость фамилии в том, что её основа не связана с церковным именем или популярным ремеслом, а уходит в бытовую, почти грубоватую лексику. В сословном плане носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами: фамилии на -ец редко встречаются в высших слоях общества. Точных сведений о дворянских родах Махнецовых нет.