Фамилия Махнухина — женская форма фамилии Махнухин, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В отличие от большинства русских фамилий на -ин, образованных от имени или прозвища, оканчивающегося на -а/-я (Махнуха → Махнухин), здесь корень не сразу просматривается. Основа «Махн-» могла иметь несколько источников, и чтобы понять, какой из них реальный, нужно посмотреть на словообразовательную модель.

Самый вероятный путь — от прозвища Махнуха. В русских говорах слово «махнуть» имело много значений: от «ударить» до «быстро сделать» или «отправиться». Человек, которого прозвали Махнухой, мог быть либо порывистым, резким в движениях, либо тем, кто «махнул рукой» на что-то, то есть беспечным. Суффикс -ух- в прозвищах часто придавал экспрессивный, чуть грубоватый оттенок (сравните: Вертуха, Глотуха, Болтуха). Таким образом, Махнуха — это человек с яркой, заметной чертой характера или поведения.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «махнушка» — так в некоторых областях называли большую, неаккуратную вещь или одежду. Если прозвище дали по внешнему признаку (например, за мешковатую одежду), оно тоже могло трансформироваться в Махнуха. Однако такая версия слабее: прозвища от предметов обычно образуются через прямое название (Шапка, Лапоть), а не через уменьшительно-пренебрежительную форму.

Географически фамилия Махнухин (и Махнухина) встречается нечасто, что говорит о её локальном происхождении. По данным переписей и телефонных справочников, носители сосредоточены в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской и Ростовской областях. Это регионы, где активно бытовали украинские и южнорусские говоры, а слово «махнути» (ударить, махнуть) было в ходу. Там же встречаются однокоренные фамилии: Махнин, Махнов, Махнач. Последняя, кстати, знакома по исторической фигуре Нестора Махно, чья фамилия имеет ту же основу — «махно» (человек с большой головой, лохматый), но с другим суффиксом.

Итак, фамилия Махнухина восходит к прозвищу Махнуха, которое, скорее всего, характеризовало человека по его поведению — порывистого, решительного или, наоборот, легкомысленного. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Махнухин, то есть потомок Махнухи. Никакого отношения к знаменитому анархисту фамилия не имеет — у него корень другой (Махно), а суффикс -ух- здесь не участвует.