Фамилия Манухина образована от распространенного в старину мужского имени Иммануил (в переводе с древнееврейского – «с нами Бог»). Это имя имело ряд производных форм, одна из которых – Мануха – и легла в основу данной фамилии. Покровителем имени Мануил (Иммануил) считался святой мученик Мануил, который вместе с Феодосием пострадали за веру во Христа в 304 году в Сирмии. Скорее всего, основатель рода Манухиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мануха, со временем получил фамилию Манухина.