Фамилия Манухина — женская форма фамилии Манухин, которая образована от мужского личного имени Мануха. Это одна из народных, обиходных форм церковного имени Иммануил (в переводе с древнееврейского — «с нами Бог»). Такое сокращение — не редкость для русской традиции: длинные и редкие имена часто укорачивали в быту, чтобы сделать их удобными для повседневного общения. Отсюда же, кстати, и фамилии Мануйлов, Манухин, Манушин — все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Манухина буквально означает «дочь или жена Манухи». В старину так называли человека по имени отца или главы семьи, и со временем это прозвание закрепилось как наследственное. Покровителем имени Мануил (Иммануил) считается святой мученик Мануил, пострадавший за веру вместе с Феодосием в 304 году в Сирмии.

Скорее всего, основатель рода Манухиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. В дворянской среде такие «простые» суффиксы встречались реже — там предпочитали фамилии на -ский или полные формы имени. А вот среди крестьян и посадских людей имя Мануха было вполне обычным. Таким образом, потомок человека по имени Мануха со временем получил фамилию Манухин, а его жена или дочь — Манухина.