Фамилия Мануховы (мужской вариант — Манухов) образована от крестильного имени Мануил, которое восходит к древнееврейскому Иммануил — «с нами Бог». В русской бытовой традиции длинные церковные формы часто усекали, и от имени Мануил появилась производная, обиходная форма — Манух. Именно она и легла в основу фамилии: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Манухов — потомок человека по прозвищу или домашнему имени Манух.

Такая модель образования — от просторечного варианта канонического имени — типична для русских фамилий XVI–XVIII веков, когда они только закреплялись в крестьянской и мещанской среде. Имя Мануил (Иммануил) не было особенно редким, но и не входило в десятку самых популярных, поэтому фамилия Манухов встречается не повсеместно, а локальными гнёздами. Одно из них — в бывших владимирских и костромских землях, где в переписных книгах XVII века упоминаются крестьяне с этим именем.

Интересно сравнить фамилию с однокоренными: Мануилов, Мануйлов, Манулин. Первые две образованы от полной формы имени, третья — от варианта Мануля, а Манухов — от самой краткой формы Манух. Такое разнообразие говорит о том, что в разных говорах имя «обкатывали» по-своему. В некоторых регионах форму Манух могли воспринимать как самостоятельное нецерковное прозвище, но в основе всё равно лежит то же библейское имя.

О точном месте и времени возникновения фамилии Манухов сейчас говорить сложно: процесс становления фамилий растянулся на несколько столетий. Однако можно с уверенностью сказать, что перед нами не искусственная, книжная фамилия, а живая, народная — её создала разговорная речь, сократив торжественное «с нами Бог» до короткого и привычного Манух.