Фамилия Манухов — один из примеров того, как церковное имя в бытовой речи сократилось до неузнаваемости, а затем закрепилось в фамилии. В её основе лежит крестильное имя Мануил (церковнославянская форма древнееврейского Иммануил, что значит «с нами Бог»). В повседневном общении длинное имя сократили до короткой формы Манух — так на Руси часто называли мальчиков, чтобы не произносить полное имя каждый раз. Суффикс -ов показывает принадлежность: Манухов — буквально «сын Мануха» или «потомок того, кого звали Манух».

Модель образования здесь типична для русских фамилий XVI–XVII веков: к основе (усечённому имени) добавили патронимический суффикс. Менее вероятно, что корень связан с прозвищем от слова «манух» (в некоторых говорах — ленивый или неповоротливый человек), но это лишь гипотеза без серьёзного подтверждения в ономастических словарях. Основная масса носителей фамилии, судя по переписям XIX века, происходила из крестьян центральных губерний России, где имя Мануил было распространено, но давалось нечасто.

Сравните с однокоренными фамилиями: Мануйлов, Манухин, Мануилов — все они восходят к тому же имени, но через разные суффиксы (-йл, -х, -ил). Манухов стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Анухов (от Иоанн → Анух) или Тимохов (от Тимофей → Тимоха), показывая, как народная речь «обрубала» концы имён, оставляя узнаваемый корень.