Фамилия Манухин образована по самой распространенной в русском языке модели — с помощью притяжательного суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — «Манухин», то есть сын или потомок Манухи. Основа здесь — не полное календарное имя, а его обиходная, сокращенная форма Мануха.

Мануха — это одна из производных форм древнего имени Иммануил. В переводе с древнееврейского оно значит «с нами Бог». Полное имя в народной среде звучало как Мануил, а в быту его упрощали до Манухи, откуда и пошла фамилия. Имя это было хорошо известно на Руси благодаря святцам: покровителем считается мученик Мануил, пострадавший за веру в 304 году в Сирмии вместе с Феодосием.

Интересно, что суффикс -ин в фамилиях такого типа указывает на краткое притяжательное прилагательное. Если бы основой послужило полное имя (Мануил), фамилия звучала бы как Мануилов. Вариант Манухин — признак того, что предка в быту звали именно уменьшительно: Мануха. Эта форма могла возникнуть и от других созвучных имен, например от Еммануил, но ономасты сходятся на том, что корень в данном случае один.

Фамилия не указывает на сословие или род занятий — она чисто «патронимическая», то есть образованная от имени отца. Поэтому среди Манухиных могли быть и крестьяне, и купцы, и священники. Географически фамилия распространена по всей центральной России, но чаще встречается в южных и юго-западных областях, где были сильны традиции именных форм с суффиксом -ух(а).