Основой фамилии Макухин послужило мирское имя Макуха. Фамилия Макухин происходит от мирского имени Макушка (или Макуха). Словом «макушка» в южных говорах России называют растение хмель. В народной традиции хмель считался с одной стороны добрым, с другой – опасным растением. Он почитался как необходимая составляющая многих напитков, ассоциировался с весёлой, радостной, лёгкой жизнью. Вероятно, родители, нарекая своего ребёнка Макушкой, желали ему, таким образом приятной, лёгкой жизни. Не следует исключать и возможность происхождения фамилии Макухин от прозвища Макуха, которое мог получить рослый человек или тот, кто занимает высокое положение в обществе («макушка» значит «вершина, верхушка»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Макуха, со временем получил фамилию Макухин.