Фамилия Макухина образована от мирского имени или прозвища Макуха. В основе лежит слово «макушка», которое в южных русских говорах обозначало хмель. Растение это в народном сознании было двойственным: с одной стороны, хмель — обязательный компонент праздничных напитков, символ веселья и лёгкой жизни, с другой — считался опасным. Давая ребёнку имя Макуха, родители могли желать ему именно радостной, беззаботной судьбы.

Но это не единственная версия. «Макушка» — это ещё и «вершина, верхушка». Поэтому прозвище Макуха мог получить человек высокого роста или тот, кто занимал видное положение в обществе. В этом случае фамилия указывала не на пожелание, а на реальную примету или социальный статус предка.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Макухина — буквально «дочь или жена Макухи». Эта модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я.

Интересно, что фамилия Макухина встречается реже, чем однокоренные Макушин или Макушкин. Возможно, это связано с локальным бытованием исходного прозвища: слово «макуха» в значении «верхушка» или «хмель» было распространено не повсеместно, а в определённых говорах.