Фамилия Малухина образована от нецерковного имени или прозвища Малуха. В русской традиции так могли называть самого младшего или маленького ребенка в семье. В быту использовали целый ряд подобных имен: Малец, Малюта, Малыш, и Малуха — одно из них. Такое имя не было редкостью: его давали как ласковое домашнее, и оно могло закрепиться за человеком на всю жизнь, независимо от его роста и возраста.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: суффикс ‑ин указывает на принадлежность — «чей?» — «Малухин», то есть сын или потомок Малухи. Это типичная русская патронимическая фамилия, распространенная в северных и центральных губерниях, где форма на ‑ин встречается чаще, чем на ‑ов.

По второй версии, Малуха — не домашнее имя, а прозвище по внешнему признаку: невысокий рост. В этом случае фамилия указывала бы на конкретную черту родоначальника. Обе гипотезы не противоречат друг другу: в обоих случаях в основе лежит корень мал- со значением «маленький».

Отметим, что фамилия Малухина — женская форма; мужской вариант — Малухин. В документах и переписях встречается реже, чем однокоренные Малушин или Малухин, что может говорить о её более локальном бытовании. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна относит подобные образования к числу древнейших, возникших ещё в допетровскую эпоху, когда мирские имена свободно конкурировали с крестильными.