Фамилия Малухины образована от личного имени Малуха. В старину так называли младшего ребёнка в семье — того, кто родился последним и оставался «маленьким» даже повзрослев. Имя с основой «мал-» было распространённым мирским прозвищем: Малыш, Малюта, Малец — все эти слова входили в один ряд с Малухой. Фамилия закрепила за потомками именно эту форму.

Словообразовательная модель проста: к основе Малух- добавляется типичный русский суффикс принадлежности -ин. Фамилии на -ин чаще всего указывали на родство по отцу: «чей?» — Малухин, то есть сын или потомок Малухи. Такая модель характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно часты.

Есть и другая версия: Малухой могли прозвать взрослого человека невысокого роста. В этом случае фамилия отражала не детское имя, а внешнюю примету — и тоже закрепилась как родовое прозвание. Обе гипотезы правдоподобны, но первая (от детского имени) встречается в ономастике чаще: мирские имена по возрасту и росту ребёнка были обычной практикой в крестьянской среде до XVIII века.

Точное место возникновения фамилии Малухины не установлено. Процесс перехода прозвищ в фамилии длился несколько столетий, и без документов конкретной семьи назвать область сложно. Однако по типу суффикса и основе можно предположить, что фамилия сформировалась в среде, где говорили на северных или среднерусских говорах: в них уменьшительное «Малуха» было особенно употребительно.