Фамилия Малухин — классический пример отчества, образованного от личного прозвища с помощью типичного русского суффикса -ин. В основе лежит прозвище или мирское имя Малуха. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Малухин буквально означает «сын Малухи» или «человек из семьи Малухи».

Само имя Малуха входит в обширную группу древнерусских нецерковных имён, образованных от корня «мал-». В семьях маленького ребенка часто ласково называли Мальцом, Малютой, Малышом, Малухой. Такое имя могло закрепиться за человеком на всю жизнь, независимо от его реального роста или возраста. Это была не фамилия, а второе, бытовое имя, которое носили в миру наряду с крестильным.

Согласно другой версии, Малуха могло быть прозвищем, данным уже взрослому человеку за невысокий рост. В крестьянской среде, где прозвища часто отражали внешность, такой признак был заметен и легко запоминался. Обе гипотезы не противоречат друг другу: в обоих случаях слово происходит от прилагательного «малый».

Словообразовательная модель «Малух-ин» говорит о том, что фамилия формировалась в северных и центральных регионах России, где был распространён именно этот суффикс (в отличие от южнорусского -ов/-ев). Само имя Малуха встречается в исторических документах, например, в новгородских берестяных грамотах и писцовых книгах, что подтверждает его реальное бытование в XV–XVII веках.

Интересно, что фамилия Малухин сохранила архаичную форму без перехода «х» в «ш» перед суффиксом (сравните: Малухин, а не Малушин). Это указывает на то, что прозвище Малуха было именно полной основой, а не краткой формой от имени Малафей или Малах. Таким образом, фамилия напрямую связана с древним славянским обычаем давать «домашние» имена по росту и возрасту.