Основой фамилии Малухин послужило мирское имя Малуха. В семьях маленького ребенка часто называли просто Мальцом, Малютой, Малышом, Малухой. И даже когда ребёнок становился взрослым, он по-прежнему носил детское имя Малуха, которое впоследствии закрепилось в фамилии. Согласно другой гипотезе, фамилия Малухин восходит к прозвищу Малуха, которое указывало на особенности внешности человека, а именно — невысокий рост. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малуха, со временем получил фамилию Малухин.