Фамилия Малухов — редкий пример, где фамильное прозвище образовано не от крестильного имени, а от мирского, причём с неочевидной семантикой. В основе лежит прозвище Малуха (или Малух), которое восходит к прилагательному «малый» — маленький, невысокий, младший. Суффикс -ух- (сравните: «старуха», «толстуха») в восточнославянских говорах придавал слову оттенок просторечия, иногда пренебрежительности, но чаще — бытовой фамильярности. Таким образом, Малуха — это «маленький человек», «малыш», «младшенький». Фамилия на -ов указывает на принадлежность потомку человека с таким прозвищем: «сын Малуха» → Малухов.

Интересная деталь: в отличие от более распространённых Малов, Малых или Малютин, форма с суффиксом -ух- встречается в основном в южнорусских и украинских землях. В документах XVII–XVIII веков фамилия фиксируется в чернозёмных областях — на территории нынешних Курской, Воронежской, Харьковской губерний. Это позволяет предположить, что предки Малуховых были не дворянами, а крестьянами или казаками: в среде однодворцев и черкас (переселённых украинцев) мирские прозвища с таким суффиксом были особенно живучи.

Есть и менее очевидная версия, которую ономасты (например, В. А. Никонов) допускают для фамилий на -ух-: основа могла быть не славянской, а тюркской. В тюркских языках «малух» — это «скот», «домашнее животное» (ср. арабское «маль» — имущество, стадо). Однако для фамилии Малухов такая версия маловероятна: тюркские прозвища обычно давали по внешним признакам или занятиям, а «скот» в качестве прозвища почти не встречается. К тому же географическая привязка к югу России, где смешивались славянские и тюркские элементы, не подтверждается документами — фамилия не отмечена в татарских или башкирских родах.

В современной России Малуховы встречаются редко, с концентрацией в Краснодарском крае, Ростовской области и на юге Украины. Фамилия не имеет вариантов с другим окончанием (Малухин, Малуховский) — это указывает на то, что она сложилась в одной локальной группе и не распалась на диалектные формы. Если вы носите эту фамилию, ваши предки, скорее всего, были людьми невысокого роста или младшими в семье — прозвище давали по самому заметному признаку, и оно закрепилось на века.