Фамилия Малуха образована от личного прозвища или нецерковного имени, которое давали самому младшему, маленькому ребенку в семье. В старину таких детей ласково называли Мальцом, Малютой, Малышом или Малухой. Прозвище закреплялось за человеком на всю жизнь, даже когда он вырастал, и со временем перешло в наследственную фамилию. Этот путь — от детского имени к фамилии — один из самых распространенных в русской ономастике: он указывает на порядок рождения или положение в семье.

Есть и другая версия, не менее правдоподобная. Согласно ей, прозвище Малуха могло описывать внешность человека, а именно — невысокий рост. В этом случае фамилия относится к разряду «ростомерных»: как Коротков, Малков или Меньшиков. В русских говорах слово «малуха» встречается в значении «малорослый человек» или «небольшой предмет», поэтому региональная основа для такого прозвища была устойчивой.

С точки зрения словообразования фамилия Малуха — это пример модели без патронимического суффикса. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, она осталась в форме исходного прозвища. Такая модель характерна для украинской и белорусской традиции, но встречается и в южнорусских землях. Поэтому географически фамилия Малуха чаще всего встречается в регионах, граничащих с Украиной и Белоруссией, а также на Западной Украине, где суффикс -уха в прозвищах особенно продуктивен (ср. Маруха, Грицуха, Петруха).

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Малуха стоит в одном ряду с Малютой, Маликом и Малюгиным. Но если фамилия Малюта известна по исторической личности (опричник Ивана Грозного), то Малуха сохранилась как более редкий вариант, не получивший широкого распространения за пределами определенных местностей. Это делает её ценной для генеалогического поиска: носители фамилии, скорее всего, происходят из одного или нескольких близких родов, а не из множества разрозненных семей.