Фамилия Малахов происходит от церковного имени Малахия. В русском языке оно прижилось в народной форме Малах, а само древнееврейское слово означает «посланник Божий» или, по другой версии, «мой посланец». Имя это библейское: его носил пророк Малахия, последний из ветхозаветных пророков, день памяти которого приходится на 16 января. В народе имя обросло множеством разговорных вариантов, от которых пошли и родственные фамилии: Малафеев, Малахеев, Малахинов, Малаховцев, Малашев, Малашов.

Модель образования здесь простейшая: к основе Малах добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов. Такой суффикс указывал на родство — буквально «чей?» — «Малахов сын», то есть потомок человека по имени Малах (Малахий). В крестьянской и мещанской среде фамилии такого типа закрепились в XV–XVII веках, когда отчество перестало быть временным и стало передаваться детям.

Самая известная географическая привязка фамилии — Малахов курган в Севастополе. Название курган получил не по фамилии владельца, а по фамилии капитана Малахова, который жил неподалёку в начале XIX века. Впоследствии это место стало символом двух героических оборон города — в Крымскую войну (1854–1855) и в Великую Отечественную (1941–1942). Для носителей фамилии это редкий случай, когда родовое имя совпало с топонимом воинской славы.

Среди известных однофамильцев — телеведущий Андрей Малахов, а также критик и поэт Сергей Арсеньевич Малахов, принадлежавший к поколению пролетарских литераторов, шедших за Безыменским и Жаровым.