Фамилия Малаховский образована от имени Малахий, что в переводе с древнееврейского означает «посланник Божий». Святым покровителем этого имени считается пророк Малахия, день памяти которого приходится на 16 января. Однако важно сразу уточнить: вопреки распространённому мнению, Малаховский — не украинская фамилия, а типично польская и западнорусская (шляхетская) по своему суффиксу. Суффикс -овский (в польском варианте -owski) указывает на связь с местностью или владением: так называли того, кто происходит из села или поместья Малахово или Малахов. Таких топонимов немало в Польше, Беларуси и на западе Украины.

Имя Малахий дало множество разговорных форм — Малафей, Малаха, Малаш, от которых произошли фамилии Малафеев, Малахеев, Малахинов, Малашев, Малашов и другие. Но Малаховский стоит в этом ряду особняком: его буквальное значение не «сын Малахия», а «тот, кто из Малахова». Первоначально это была фамилия землевладельца или шляхтича, владевшего хутором или деревней с таким названием. Позже, по мере распространения, её могли присваивать и крестьянам, переселившимся из этих мест.

Процесс формирования фамилий длился веками, и окончательно установить точное место и время возникновения конкретного рода Малаховских можно только на основе глубоких генеалогических изысканий. Но ключевая подсказка — именно географическая привязка, а не только отчество.