Фамилия Малаховская, вопреки возможному первому впечатлению, не имеет прямого отношения к слову «малый» или географическому названию «Малаховка». Её корень лежит в церковной среде: в основе — крестильное имя Малахий (древнееврейское «посланник Божий»), которое давали в честь библейского пророка, чей день памяти приходится на 16 января. В народном обиходе это имя обросло множеством разговорных форм — Малах, Малаха, Малафей, от которых пошли фамилии Малахов, Малафеев, Малашев. Малаховская стоит в том же ряду, но с другим суффиксом.

Суффикс -ский (в женском роде -ская) в восточнославянских фамилиях чаще всего указывает на дворянское или шляхетское происхождение, особенно в Речи Посполитой. Однако для украинских и белорусских земель он мог означать и принадлежность к определённой местности — селу или хутору с названием вроде Малахово или Малаховка. В таком случае носитель фамилии был либо выходцем оттуда, либо владельцем тех земель. Второй вариант: -ский вставляли в фамилию по модели «сын такого-то», и тогда Малаховская буквально означала «дочь или жена Малаха», то есть человека с именем Малахий в бытовой форме.

Самый спорный момент — к какому сословию относились первые Малаховские. Если фамилия образована от имени напрямую, она могла появиться у крестьян или мещан, взявших фамилию по деду или отцу. Если же через топоним — перед нами след дворянского рода, владевшего имением. Однозначно ответить без генеалогического исследования конкретной семьи нельзя: в истории известны и Малаховские-дворяне (внесённые в родословные книги западных губерний), и крестьяне с той же фамилией, записанные уже после отмены крепостного права.

В написании фамилии встречаются варианты: Малаховская (с ударением на второе или третье «а») и реже Малаховска (упрощение в польской или белорусской транскрипции). Сравнение с однокоренными фамилиями — Малаховцев, Малахинов — показывает, что все они восходят к одному источнику, но разошлись в суффиксах в зависимости от региона и социальной среды. Малаховская — одна из тех фамилий, где форма на -ская не гарантирует аристократического происхождения, но оставляет простор для обеих версий.