Фамилия Малахова — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается путаница в церковных и народных формах имени. Разбираться приходится сразу с двумя источниками: каноническим именем Малахия и его менее известным двойником Малхий. Оба имени — древнееврейские, но значения разные. Малахия переводится как «мой посланец», а Малхий означает «царь мой». В быту и документах эти имена смешивались, давая начало целому кусту родственных фамилий: Малафеев, Малахеев, Малахинов, Малаховцев, Малашев, Малашов. Фамилия Малахова закрепилась в форме, близкой к краткому обиходному варианту — Малах.

Церковь почитает святого пророка Малахию, последнего из ветхозаветных пророков. В библейской Книге пророка Малахии он обличал народ за прелюбодеяние, чародейства, ложные клятвы, притеснение вдов и сирот, отвержение пришельцев и удержание платы у наемников. За эти пороки, предвещал пророк, иудейский народ будет представлен на Суд Божий. Именно это имя и легло в основу фамилии, хотя через народную форму Малах, а не напрямую.

В архивных записях фамилия встречается в разных губерниях. В Книге памяти Нижегородской области упомянут Макар Михайлович Малахов, 1898 года рождения, из села Мерлиновка Лукояновского района. В Белгородской области — Максим Афанасьевич Малахов, родившийся в 1891 году в селе Дмитриевка Шаталовского района Воронежской области. В Архангельской области — Максим Гафаилович Малахов, 1871 года рождения, из деревни Бильневская Шенкуровского уезда. Разброс по регионам показывает, что фамилия была распространена широко, от центральной России до севера.

Из современных носителей известны танцор балета Владимир Анатольевич Малахов, российский биолог Владимир Васильевич Малахов и шахматист Владимир Наильевич Малахов.