Фамилия Малахинская — женская форма, образованная от мужской фамилии Малахинский. Она принадлежит к распространённому в польско-белорусско-украинском регионе типу фамилий на -ский/-цкий, которые первоначально указывали на принадлежность к месту или владению. В отличие от простых русских фамилий на -ов и -ин, такие фамилии чаще носили дворяне и шляхта, но со временем распространились и среди крестьян, особенно на западе Российской империи.

Основа фамилии — имя Малахия (или его разговорная форма Малах). Малахия — библейское имя древнееврейского происхождения, означающее «посланник Божий» или «ангел». В православных святцах оно встречается редко, чаще — у католиков и униатов. На русской почве имя давало множество производных: Малах, Малаха, Малашка. От них и пошли фамилии Малахов, Малахин, Малахинский. Суффикс -инский в данном случае может указывать на то, что предок носителя фамилии владел или происходил из населённого пункта с названием вроде Малахино, Малахово или Малахин.

Географически фамилия Малахинская тяготеет к западным губерниям — современным Беларуси, Украине и восточной Польше. В дореволюционных метрических книгах её можно встретить в Волынской, Гродненской и Минской губерниях. Важная деталь: окончание -ская (а не -цкая) указывает на то, что фамилия прошла через русскую канцелярскую запись, где польское -ski переделывали в -ский. В исконно польском варианте фамилия звучала бы как Malachiński.

Таким образом, Малахинская — это фамилия-топоним, образованная от имени Малахия через название места. Предки носительницы фамилии, скорее всего, были мелкими шляхтичами или зажиточными крестьянами из западнорусских земель, чья родовая усадьба или деревня носила имя, производное от этого редкого библейского имени.