Фамилия Малахинский — одна из тех, что сразу выдают своего носителя: суффикс -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение, либо на формирование фамилии по названию места. В русской традиции фамилии на -ский чаще всего получали выходцы из духовенства (по названию церкви или села) или польско-литовская шляхта. В случае с Малахинским наиболее вероятна именно географическая основа.

Корень фамилии — Малахин. Это, в свою очередь, отчество от имени Малаха (Малахий) или от прозвища Малаха. Имя Малахий — церковное, древнееврейского происхождения, означает «посланник Бога» или «ангел». В народной речи оно часто превращалось в Малахей, Малаха, отсюда и фамилии Малахов, Малахин. Суффикс -ин в основе Малахин — типичный русский патроним: «чей?» — Малахин, то есть сын Малахи. А вот добавление -ский превращает эту фамилию в типичную для служилого сословия: владелец деревни Малахино или выходец из села с таким названием мог получить фамилию Малахинский.

География фамилии подсказывает, что её носители концентрируются в западных и центральных регионах России, а также на Украине и в Беларуси. Это согласуется с моделью образования: в этих землях фамилии на -ский особенно распространены среди мелкопоместного дворянства и духовенства. Если предок был священником, его могли записать как Малахинский по названию храма, освящённого в честь пророка Малахии, или по селу, где этот храм стоял.

Споров вокруг происхождения немного. Версия о прозвище «Малаха» (от диалектного «малахольный» — странный, не от мира сего) маловероятна: эта лексема поздняя и не дала массовых фамилий. Куда правдоподобнее, что в основе лежит каноническое имя, а суффикс -ский — вторичный, наложившийся на уже существовавшее отчество. Таким образом, Малахинский — это человек, чей предок был Малахием, а позже его потомки получили «благородный» суффикс, возможно, при получении дворянства или при переходе в духовное сословие.