Фамилия Макуховская — женская форма фамилии Макуховский, и её разумнее всего рассматривать в паре. В основе лежит топонимическая модель на -ский/-цкий, которая в польской и западнорусской традиции указывала на связь с местностью: владелец или выходец из села, носившего название Макухово, Макуха или Макухи. Такая модель была особенно распространена среди шляхты и духовенства, но со временем закрепилась и у крестьян, переселявшихся из одного поместья в другое.

Корень фамилии — «макуха». В диалектах это слово имеет два основных значения. Первое — жмых, то, что остаётся после выжимки масла из семян подсолнечника, льна или конопли. Макухой кормили скот, а в неурожайные годы — и сами крестьяне. Прозвище Макуха могли дать человеку, который торговал жмыхом, постоянно его ел или даже просто был сухощавым и «выжатым» на вид. Второе значение — макушка, верхушка, темя. В этом смысле прозвище могло указывать на высокий рост, лысину или характерную причёску.

Спорная, но любопытная версия связывает фамилию с украинским глаголом «макувати» — бить, колотить. Если принять эту гипотезу, прозвище Макуха могло относиться к драчуну или человеку с тяжёлой рукой. Однако такая трактовка менее распространена в ономастике, и большинство исследователей склоняются к «жмыховому» или «верхушечному» корню.

Географически фамилия Макуховская чаще всего встречается на западе современной Украины и в Беларуси — зонах, где польская модель на -ский смешивалась с восточнославянской основой. В дореволюционных метриках её носительницы могли записываться и как Макуховская, и как Макуховская-Макуха, что отражает переходный этап от прозвища к фамилии. Сословная принадлежность была разной: от обедневшей шляхты, осевшей на хуторах, до крестьянок, получивших фамилию по названию деревни, где жили их отцы.

Таким образом, фамилия Макуховская — это «географическая» по форме, но «прозвищная» по сути. Она либо указывает на конкретное место (Макухово), либо на занятие предка-маслобойщика, либо на его внешность, связанную с макушкой. Выбрать одну версию без архивных записей по конкретной семье невозможно, но «жмыховая» версия — самая надёжная из-за широкой распространённости слова в хозяйственном быту восточных славян.