Фамилия Махоркина образована от прозвища Махорка. В его основе лежит нарицательное существительное «махорка» — так называли дешёвый сорт табака. Прозвище закрепилось за человеком, которого связывали с этим растением. Чаще всего считается, что Махоркой дразнили заядлого курильщика, который не расставался с трубкой или самокруткой. Однако есть и вторая версия: прозвище могло относиться к «профессиональным» именованиям и указывать на род занятий. Махоркой могли назвать торговца табаком или крестьянина, который выращивал этот сорт на продажу.

Слово «махорка» само по себе примечательно. Его происхождение связывают с названием американского города Манхэттен: в искажённом виде это слово попало в русский язык и закрепилось за табаком низшего сорта. Такая этимология делает фамилию неожиданно «географической» — через прозвище она отсылает к далёким торговым связям, хотя сами предки носителей фамилии, скорее всего, были обычными крестьянами или мещанами.

Модель образования проста: к основе Махорк- добавили суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность. Махоркина буквально значит «дочь или жена Махорки», а сам Махоркин — «сын, потомок Махорки». Суффикс -ин, а не -ов, типичен для фамилий, образованных от слов женского рода, и здесь он работает именно с существительным «махорка».

Прозвища, связанные с табаком, встречались в крестьянской среде повсеместно, но фамилия Махоркин не стала массовой. Она осталась довольно редкой, что говорит о локальном характере прозвища: скорее всего, оно бытовало в одной местности, где табаководство или торговля им имели особое значение. Сегодня фамилия встречается в разных регионах России, но чаще — в областях, где исторически выращивали махорку, например в Черноземье и Поволжье.

В написании фамилии нет вариантов, которые меняли бы её смысл. Ударение падает на второй слог — Махоркина, что сохраняет прямую связь с исходным словом. Потомок человека, которого когда-то окрестили Махоркой, со временем получил фамилию, и она закрепилась за семьёй.