Фамилия Махоркин образована от прозвища или нецерковного имени Махорка. Вопреки интуиции, прямая связь с растением махоркой (видом табака) маловероятна: это слово пришло в русский язык довольно поздно, не раньше XIX века, а фамилия должна была сложиться раньше. Скорее всего, в основе лежит диалектное «махор» — так в некоторых говорах называли неопрятного, лохматого человека или, наоборот, того, кто «махает», суетится. Возможна и связь с уменьшительной формой имени Макар — Махорка, по модели «Макар → Маха → Махорка».

Суффикс -ин указывает на типичную русскую патронимическую модель: Махоркин означает «сын Махорки» или «человек из семьи Махорки». Такие фамилии в основном закрепились в северных и центральных губерниях России, где -ин был преобладающим окончанием.

Любопытная деталь: если всё же допустить связь с табаком, то фамилия могла возникнуть как прозвище торговца махоркой или любителя крепкого курева. Но это скорее вторичная, народная этимология. Основная версия надёжнее: Махоркин — потомок человека с прозвищем Махорка, которое в старину звучало не грубо, а вполне обычно, как сотни других прозвищ от внешности или поведения.

Встречаемость фамилии невысока, она редкая. Наибольшая концентрация носителей фиксируется в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает севернорусское происхождение модели на -ин.