Фамилия Махоткин ведет начало от личного прозвища Махотка. В основе его, скорее всего, лежит прилагательное «махонький» — то есть маленький, крошечный. Так в народе называли низкорослого человека или ласково — новорожденного младенца. Эта версия выглядит наиболее естественной: уменьшительный суффикс -к- в прозвище как раз и подчеркивает небольшой рост или юный возраст основателя рода.

Существует и другое объяснение, связанное с глаголом «махать». Махание, или веяние, было обязательным этапом при помоле зерна на мельнице и при обработке льна для изготовления ткани. Если придерживаться этой версии, то родоначальник Махоткиных мог быть мукомолом или ткачом, а прозвище закрепилось за ним по роду занятий. Еще одно, менее распространенное толкование связывает прозвище с человеком, который привык действовать на авось, «махать» не глядя.

Сам суффикс -кин в фамилии указывает на притяжательную модель образования: Махоткин буквально значит «сын Махотки». Такая модель типична для русских фамилий, сформировавшихся в среде простых сословий, где прозвище отца переходило к детям без изменений. Фамилия довольно редкая, и ее географическое распространение не получило широкого отражения в ономастических справочниках, что нередко случается с прозвищными фамилиями, закрепившимися в одном или нескольких селах.

Какая из версий правдоподобнее? Первая, от «махонький», выглядит убедительнее: она опирается на живую народную лексику, где слово «махотка» в некоторых говорах действительно употреблялось как ласковое обозначение малыша. Версия с ремеслом возможна, но она требует допущения, что прозвище возникло от действия, а не от внешности, что для прозвищ менее типично. В любом случае, фамилия Махоткин сохранила память о конкретном человеке — либо маленьком ростом, либо работящем мельнике или ткаче, либо просто удалом и беспечном малом.