Фамилия Махоткин образована от прозвища Махотка, которое восходит к прилагательному «махонький», то есть «маленький». Скорее всего, так называли низкорослого, миниатюрного человека. Однако, Махоткой родители ласково могли прозвать своего новорожденного ребенка. Согласно другой версии, прозвище Махотка произошло от глагола «махать». Дело в том, что процесс «махания», или проветривания, веяния использовался при помоле муки на мельнице, при изготовлении льняной ткани. Возможно, основатель рода Махоткиных был мукомолом, либо ткачом. Помимо этого, Махоткой могли называть и того, кто делает все на авось. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Махотка, со временем получил фамилию Махоткин.