Фамилия Махоткин в своей основе имеет личное прозвище Махотка, и это типичная модель для русского именования, где усеченная форма имени или прозвища становилась фундаментом для родового имени. Слово «Махотка» напрямую связано с диалектным прилагательным «махонький», то есть «маленький». Логика тут простая: так могли окликнуть невысокого, миниатюрного человека, причем прозвище могло закрепиться и за взрослым, и за ребенком — родители нередко ласково называли так новорожденного, и это имя прилипало к нему на всю жизнь.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Махоткин — это «сын Махотки», «из семьи Махотки». Такая модель с притяжательным суффиксом — одна из самых распространенных в русской ономастике, наряду с -ов/-ев. Она говорит о том, что прозвище было личным, не передавалось по наследству, а закрепилось за конкретным человеком, от которого уже пошли потомки.

Существует и вторая, менее очевидная версия происхождения. Она возводит прозвище к глаголу «махать». В этом случае смысл уходит в ремесленную сферу: «махание», то есть проветривание и веяние зерна, было обязательным этапом при помоле муки на мельнице. Подобные действия использовали и при обработке льна для изготовления ткани. Если придерживаться этой гипотезы, основатель рода Махоткиных мог быть мукомолом или ткачом, а его прозвище — профессиональным маркером, по которому соседи сразу определяли род занятий.

Правдоподобность второй версии подкрепляется тем, что прозвища по профессии в русской деревне встречались не реже, чем прозвища по внешности. Однако первая гипотеза — от «махонького» — выглядит более естественной с точки зрения бытовой речи: уменьшительно-ласкательная форма «Махотка» легко ложится в детскую и семейную лексику, тогда как для профессионального прозвища чаще использовали прямые названия ремесла. Впрочем, не исключено и третье, шутливое значение: Махоткой могли прозвать человека, который привык делать всё на авось, то есть действовать без расчета, «махать» не глядя.

Точное место и время возникновения фамилии Махоткин определить сложно — процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий, и в разных регионах он шел с разной скоростью. Ясно одно: фамилия сформировалась в среде, где живые диалектные слова еще свободно проникали в личные имена, а потом закреплялись в документах. Сегодня фамилия Махоткин встречается преимущественно в центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает ее народное, не книжное происхождение.