Фамилия Махотка — редкий пример, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив исходный уменьшительно-ласкательный суффикс -к-. В русских фамилиях суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский встречаются в девяти случаях из десяти, а здесь перед нами «застывшая» форма прозвища или даже имени в бытовом общении. Это значит, что предка могли звать просто Махотка, и так и записали, без добавления типового фамильного суффикса.

Основа — слово «махотка». В южнорусских и украинских говорах махоткой называли небольшой глиняный горшок для молока или сметаны, иногда с узким горлом. Слово родственно «макитра» (большой горшок) и «маханка» (глиняная посуда). Прозвище Махотка могли дать гончару, который делал такую посуду, или, что вероятнее, человеку невысокого роста, плотному, круглолицему — по ассоциации с формой горшка. В некоторых диалектах «махотка» означала и «маленькая, приземистая женщина», что указывает на прозвище по внешности.

Географически фамилия встречается в основном на западе России — в Брянской, Смоленской, Калужской областях, а также в Беларуси и на Украине. Это совпадает с зоной распространения слова «махотка» в значении «горшок». В восточных регионах России фамилия редка, что подтверждает её диалектное происхождение.

Если рассматривать альтернативную версию, иногда «махотка» связывают с глаголом «махать» — якобы прозвище суетливого или активно жестикулирующего человека. Но эта гипотеза слабая: для обозначения движения в русских говорах есть «махалка», «махун», а «махотка» прочно привязана к глиняной посуде. Поэтому версия с горшком и внешностью — основная.

В дореволюционных переписях носители фамилии Махотка чаще всего числились крестьянами или мещанами. Фамилия не дворянская, не искусственная (семинарская или придуманная), а бытовая, народная. Её носители — потомки гончаров или людей, получивших меткое прозвище за сходство с домашней утварью.