Фамилия Махотова — женская форма фамилии Махотов, и её происхождение вызывает у ономастов больше споров, чем кажется на первый взгляд. С одной стороны, основа «Махот» может быть производной от неканонического имени или прозвища Махот, которое, в свою очередь, связано с глаголом «махать». В русских говорах «махот» — это не только «размах», но и человек, который делает широкие, размашистые движения, торопится или действует неаккуратно. В этом случае фамилия образована по типичной модели отчества: Махот — сын Махота, то есть «Махотов», а Махотова — его дочь или жена.

Однако есть и вторая, более редкая версия, которая связывает фамилию с диалектным словом «махота». В некоторых регионах России, в частности на Урале и в Сибири, «махота» — это глиняный горшок или крынка. Если предок занимался гончарным делом, его могли прозвать Махотой — по основному предмету производства. Суффикс «-ов» здесь указывает на принадлежность: «сын Махоты». Эта версия правдоподобнее, если фамилия распространена в районах традиционного гончарного промысла, например, в Пермском крае или на Вятке.

Словообразовательная модель фамилии проста: корень «махот» плюс суффикс «-ов», характерный для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён, оканчивающихся на твёрдый согласный. Фамилия Махотова встречается не повсеместно, а имеет выраженную региональную привязку к северным и восточным областям России, что косвенно подтверждает диалектный характер основы.

Сравнение с однокоренными фамилиями, такими как Махонин, Махоткин или Махов, показывает, что все они восходят к одному гнезду значений — «махать» или «махотка» (небольшой горшок). Но именно суффикс «-от» в основе «Махот» встречается реже, чем, скажем, «-он» или «-ин», что делает фамилию более локальной и менее частотной. По сословной принадлежности предки Махотовых могли быть как крестьянами, так и ремесленниками, но точных данных о дворянском происхождении этой фамилии нет.