Оно ведет свое начало от нарицательного «махотка» - «глиняный горшок; кринка», «человек очень маленького роста». Вероятно, прозвище либо содержало указание на род деятельности основателя фамилии (гончар или торговец посудой), либо отражало особенности внешности предка. Согласно другой гипотезе, фамилия Махота происходит от производной формы одного из трех мужских крестильных имен — Матвей (древнееврейское, «дарованный Богом»), Макарий (греческое, «блаженный, счастливый»), Мануил (древнееврейское, «определение божие») — Махота.