Фамилия Махота чаще всего отталкивается от нарицательного «махотка» — так в южнорусских говорах называли глиняный горшок, кринку, а иногда и человека очень маленького роста. Отсюда две равноправные версии прозвища, которое легло в основу фамилии. Первая: предок был гончаром или торговал посудой, и за ним закрепилось указание на ремесло. Вторая: прозвище отражало внешность — невысокого, коренастого человека могли дразнить Махоткой. Обе гипотезы жизнеспособны, и выбрать между ними сложно: без письменных источников о конкретной семье мы не узнаем, что имел в виду первый носитель.

Существует и альтернативная версия, которая выводит фамилию из народной формы крестильных имен. Махота могло быть производной, уменьшительно-ласкательной формой от Матвей (древнееврейское «дарованный Богом»), Макарий (греческое «блаженный, счастливый») или Мануил (древнееврейское «определение Божие»). Такое словообразование встречалось в крестьянской среде: длинные календарные имена сокращали до короткого домашнего прозвища, которое затем закреплялось за потомками. Однако эта версия слабее первой: форма «Махота» не прослеживается в документах как типичный вариант этих имен, в отличие от Махотка или Махоня, которые встречаются чаще.

Сама модель фамилии проста и характерна для восточнославянской традиции. Основа «Махот-» и суффикс «-а» указывают на прозвищное происхождение, а окончание «-а» в фамилии выдает ее украинское или белорусское влияние. В русском языке такая фамилия скорее получила бы форму Махотин, но вариант с конечным «-а» типичен для западных и юго-западных земель. Это дает нам географическую привязку: корни фамилии, вероятно, лежат на территории современной Украины, Беларуси или юга России, где слово «махотка» было в обиходе.

В словарях и ономастических работах фамилия не получила подробного разбора, в отличие от более частотных Махотиных или Махоткиных. Но это не делает ее менее интересной: редкая форма сохранила прямую связь с бытовым словом, которое сегодня почти вышло из употребления. Гончарное ремесло на юге России и Украины было широко распространено, и прозвище по роду занятий — один из самых естественных путей возникновения фамилии. Если ваш предок носил фамилию Махота, с высокой долей вероятности он происходил из семьи ремесленника, а не из дворянского или служилого сословия — такие прозвища закреплялись в основном за крестьянами и посадскими людьми.