Фамилия Макота — редкий случай, когда прозвище почти наверняка перешло в фамилию без изменений, без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Она застыла в той форме, в которой её дали предку. Основа здесь — слово «макота». В южнорусских и украинских говорах так называли глиняный горшок, крынку, а в переносном смысле — невысокого, плотного или круглолицего человека. Человек мог получить прозвище Макота за внешность (коренастый, «как горшок») или за ремесло — гончар, продавец глиняной посуды.

Словообразовательная модель в данном случае нестандартна для великорусских фамилий, но типична для украинской и белорусской традиции, где прозвища нередко становились фамилиями без дополнительных суффиксов (ср. Голова, Шевченко, Скоробогатько). Если бы фамилия оформлялась по русскому образцу, она звучала бы как Макотин или Макотьев. Отсутствие суффикса — сильный маркер того, что носители фамилии происходят с территории современной Украины, юга России или Беларуси.

Существует и менее вероятная версия, связывающая фамилию с древним именем Макота — уменьшительной формой от Макар или Максим. В пользу этой версии говорит то, что в старых польских и украинских документах встречается имя Макота как самостоятельное (от «мак» или как ласкательное). Однако прозвищная версия с горшком выглядит убедительнее: фамилия редкая, а прозвище по предмету быта давали часто и охотно. География фамилии сегодня разбросана — от Западной Украины до Кубани, что подтверждает её украинско-южнорусские корни.

Фамилия недворянская, не встречается в родословных книгах Российской империи. Её носители — скорее всего, потомки крестьян, казаков или ремесленников. В XIX веке, при массовом закреплении фамилий, прозвище Макота просто записали в документы как есть. Сейчас это одна из тех фамилий, по которой можно безошибочно определить регион происхождения предков — юг или юго-запад бывшей Российской империи.