Фамилия Макода — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, -ев или -ин, она не имеет типичного «притяжательного» суффикса, указывающего на отчество. Форма Макода — это, скорее всего, застывшее прозвище или мирское имя, которое перешло в фамилию без изменений, по так называемой «украинской» или «белорусской» модели (сравните: Шевченко, Голота, Нехода). Сама основа «Макод» — тёмная.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с диалектным южнорусским или украинским словом «макода» — так в некоторых говорах называли мотыгу, тяпку для обработки земли. Если это так, то прозвище Макода мог получить крестьянин, который работал этим орудием, или, в переносном смысле, коренастый, приземистый человек. Менее убедительна, но возможна связь с румынским или молдавским словом «macodă» (от греческого «makodion») — так в старину называли особый вид короткого плаща или накидки. В этом случае прозвище могло относиться к особенностям одежды.

Третий вариант — фамилия могла быть образована от уменьшительной формы канонического имени. Например, от Макарий (в народной форме Макар) через промежуточную форму Мако́да (по аналогии с Микола от Николай). Эта версия объясняет, почему фамилия не склоняется по падежам как типичная русская: она закрепилась в форме именительного падежа единственного числа.

География фамилии сегодня размыта, но её корни логичнее всего искать на западе Украины, в Молдове или в южных областях России, где исторически были сильны украинские говоры и контакты с румынским населением. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками — прозвище «Макода» не выглядит дворянским или купеческим. Известных исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её народное, корневое происхождение.